一个年轻男子自大楼顶上跳下自杀身亡。当他的遗体在接受EM处理时，从眼皮里掉出一根针。这根针意味着什么呢?EM技士村上美弥子认为事情并不单纯，于是和刑警平冈一起查明真相。在调查过程中，因为拥有10万信徒的宗教团体领袖，和活在黑暗世界里的EM技士天才富士医生，这两个跳脱常理的人物出现，使得调查工作陷入极度的混乱。 　　突然有一天，发生了一件离奇的事见-----遗体的头被人偷走了。犯人到底是谁呢？目的又是为了什么呢？随着调查工作的进行，发现被害人生前的女朋友、一个高中女生涉有重嫌，然后因为这个高中女生的具有多重性格，又将整个事见推向一个新的局面。

　　尸体防腐员（简称EM），是专门对受到损伤的尸体进行消毒、防腐、修复以及妥善保存的技术工作人员，他们长年工作在黑暗密闭场所，甘于寂寞，尽最大的努力将尸体还原成生前的模样。美丽的村上美弥子（高島礼子 饰）即为防腐员队伍中的一员。
某日，17岁跳楼自杀的青年进藤由树（松尾政寿 饰）的尸体送到美弥子的工作室。最经过一番修复后，由树的头颅竟然离奇丢失。美弥子随即和平冈刑警（松重豊 饰）对可能的遗体买卖进行调查，慢慢地，他们将目标锁定在由树生前的恋人——高中女生筱原里香（三輪ひとみ 饰）。随着天才医生富士博士（柴俊夫 饰）和宗教组织大德院的介入，案情愈加扑朔迷离……