相传警方派驻了上千卧底深入黑帮，就等时机成熟把社团一网打尽。此时警方雄图大志，将潜伏已久终于爆发的行动命名为“百年孤寂”。洪兴社树大招风，社团里各个话事人开始草木皆兵。相反洪兴老大淡定自若，他的女人苏菲（秦海璐饰）替他周旋于各帮派期间，力稳局势。
然而洪兴社团的众人已经按捺不住躁动。人人自危的情势开始：分管不同领域的华超（吴镇宇饰）、黎继祥（曾志伟饰）、钟孝礼（张智霖饰）、游志标（陈小春饰）几人当中，有的已经被警方掌握了犯罪证据，有的正陷入一场恐慌，看不清身边谁人是卧底身份。警方铲除洪兴社团即日可待。

        香港回归之后，警方为了维护香港的社会治安，打击黑帮势力，安插了1000多名卧底进入各类黑社会组织中，其中又以气焰最劢的洪兴社团为主要打击目标。早年做过卧底的韦定邦督察为这次代号“百年孤寂”行动的总指挥。洪兴社团的龙头老大虽然年事已高，却深谙权利之术，很好地平衡着社团内各方的利益，自己却并不直接参与其中，因此一直令警方束手无策。各种犯罪活动主要由四个人控制：华超、黎继祥、钟孝礼、游志标。警方的渗透瓦解了他们四人表面看来稳定的关系，令他们感到草木皆兵，为求自保开始把刀伸向了对方。黎继祥因为钟孝礼的陷害被社团的杀手刺死，曾经是韦定邦警校同学的华超，在儿子被钟孝礼所伤后重新成为卧底，钟孝礼也难逃社团内部了清洗。最终，在潜伏于社团各处的卧底的配合下，洪兴社团中的大小头目一一落网，这个不可一世的犯罪社团被警方彻底摧毁。 
          影片演员阵容强大，故事扣人心弦，情节跌宕起伏。对于爱香港黑帮片的影迷而言，《卧虎》将会是继《无间道》之后又一部令人期盼的巨片。